Die Deutsche Reichsbahn hatte Anfang der 1950er Jahre immer mehr Schwierigkeiten mit den Kesseln aus St 47 K. Die Herabsetzung des Kesseldruckes von 20 auf 16 bar hatte die Schadanfälligkeit zwar verlangsamen, jedoch nicht aufhalten können. Von den 1955 im Erhaltungsbestand der DR verzeichneten 112 Lokomotiven waren nur 12 Maschinen bereits mit einem Ersatzkessel „Bauart 1943“ ausgerüstet und somit „unbedenklich“.
Weil sich die Lieferung der bestellten Neubaukessel immer wieder verzögerte, wurden bis Januar 1959 noch 21 Lokomotiven der Baureihe 41 mit Nachbaukesseln ausgerüstet, die nach den alten Zeichnungssätzen gefertigt waren aber durch den Wegfall des Speisedomes von denen der Bauart 1943 eindeutig zu unterscheiden waren. Auch das RAW Meiningen stellte einen kompletten Nachbaukessel für 41 075 her. Weitere schadanfällige Kessel wurden komplett repariert und in großen Teilen ersetzt.
Nunmehr sollten bereits 1959 80 Lokomotiven der Baureihe 41 in den Reichsbahnausbesserungswerken (RAW) Zwickau und Karl-Marx-Stadt den neuen Rekokessel der Bauart 39E erhalten. Bei der Rekonstruktion wurden auch Mischvorwärmeranlagen der Bauart IfS/DR, Druckausgleichkolbenschieber Trofimoff und neue Aschkästen der Bauart Stühren eingebaut. Der breitere Hinterkessel erforderte neue Führerhausvorderwände, deren Frontfenster mit Klarsichtapparaten ausgerüstet wurden. Für die größere und schwerere Verbundmischpumpe VMP 15-20 musste ein neuer Pumpenträger konstruiert und verbaut werden. Dieser und die neue Mischvorwärmeranlage bedingten eine geänderte Anordnung der Hauptluftbehälter. Die ursprünglich für 20 bar Kesseldruck ausgelegten Zylinder mit nur 520 mm Durchmesser wurden aber beibehalten. Im Rahmen der Arbeiten fiel auch die Bremsanlage der vorderen Laufachse weg.
Rekolokomotiven der Baureihe 41 konnten bis 1988 im planmäßigen Zugdienst beobachtet werden. Die Ölkrise 1979/80 und deren Auswirkungen auf die Wirtschaft der DDR bescherte auch etlichen Maschinen der Baureihe 41 eine kurze Rückkehr in den Betriebsdienst. Sogar einige zur Zerlegung vorgesehene Lokomotiven wurden aufgearbeitet und erhielten eine neue Hauptuntersuchung. Insgesamt arbeitete das RAW Meiningen zwischen 1980 und 1983 23 Lokomotiven dieser Baureihe noch einmal auf. Aber schon Ende September 1984 beendete das Bw Oebisfelde den 41er Einsatz und gab seine Lokomotiven an das Bw Güsten ab. Während als nächstes die Einsatzstelle Göschwitz des Bahnbetriebswerkes Saalfeld im November 1986 die Baureihe 41 auf das Abstellgleis schickte, schied erst Anfang Mai 1988 mit 41 1231 der Einsatzstelle Staßfurt (Bw Güsten) die letzte 41 aus dem Plandienst der DR.
Die BR 41 war die vielseitigste Dampflokomotive im Triebfahrzeugpark der Deutschen Reichsbahn und beförderte neben Güter- und Personenzügen auch hochwertige Schnell- und Eilzüge.